分享:處理 COVID19 之軟體專案數則

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最近看到超多專案在做資料視覺化與詮釋之外,也有些積極抗疫性質的。以下分享幾則。

Rosetta@home

為 BOINC 分算式運算架構中的計畫之一。BOINC 本身是讓使用者提供家用電腦 的 CPU 與 GPU 來進行指定的計算工作,實際內容似乎各式各樣,囊括之計畫類別 十分廣泛。包括自 1999 開始到最近畫下休止符的 SETI@home 專案,都是 BOINC 架構中的一部份

Rosetta@home 專案頁面也有說明目前計畫內容與 COVID-19 之關聯。

BOINC 亦有提供 Android 手機版的程式,可讓手機在晚上充電時進行工作。 附帶一提,BOINC 有「組隊比賽」的機制,而似乎已經有不少人在 Rosetta@home 組了台灣隊 BOINC@Taiwan -- 看來是可讓使者自由報隊會加入現有隊伍,沒有什麼限制。

來源:http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

OpenPandemics - COVID19

IBM 在 2020/04/01 公佈的分散式計畫。是對科學家、研究人員提供的計算資源。 而計算力之來源則是來自於自願者,也就是一般民眾家裡的電腦。志願者在自己 的電腦上安裝一個應用程式之後,電腦就會在 CPU 閒置時開始進行指定之計算 作業。

與 Folding@HOME 一樣是把計算作業分散給世界,但每份作業的內容似乎更 為廣泛而不限於蛋白質摺疊之模擬。

來源:https://newsroom.ibm.com/2020-04-01-Your-Computer-Can-Help-Scientists-Seeking-Potential-COVID-19-Treatments

smarterdx/covid-19

能配合醫院內的病歷資料庫,以病症快速搜出具高風險因子、很可能染得 COVID19 的病人。

來源:https://github.com/smarterdx/covid-19

TraceTogether

由新加坡 GDS 推出的手機應用程式。基本上是以手機藍芽模組去不斷偵測附近 的手機序號並加以記錄。未來某一天當某人確診時,便能一次性通知所有曾經靠近 此人的其他手機。

來源: https://www.tracetogether.gov.sg/

COVID-19 World Statistics

基本上是將 JHU 提供的資料集 清楚地以表格及簡明圖表呈現出來。

來源: https://covid.observer/

https://corona-stats.online

也是將 JHU 提供的資料做成表格,提供給純文字介面顯示。

curl https://corona-stats.online/

以 BioPerl 檢驗 SARS-CoV-2 蛋白質序列

zubenel 自 NCBI下載了病毒蛋白質序列的資料集,並以 BioPerl 進行序列比對之一段分享。

來源:

Folding@HOME

使用家用電腦的 CPU 與 GPU 進行蛋白質摺疊模擬運算。Folding@HOME 應該是目 前世上規模最大個分散式運算計畫。基本上如果妳睡覺時也不關電腦,或是你覺 得開 GPU 礦機挖礦沒賺頭,就就可以來裝 Folding@Home 幫忙進行模擬。

在其 FAQ 裡有提到,實際上的計算工作是由他們的伺服器派送的,各計畫提供 的計算工作量不一,參與者無法把與 COVID-19 的無關的計算工作挑開不做。

來源:https://foldingathome.org/covid19/

黑客與醫院

自由軟體基金會呼籲社群起身協助來改進醫療器具之維修。不少器具零件能透過 3D 列印的方式修補,但多數供應商並不會提供 3D 模型。

Source: https://www.fsf.org/blogs/community/hackers-and-hospitals-how-you-can-help

Phylogenetic analyses of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 reflected the several routes of introduction to Taiwan, the United States, and Japan

這則不是軟體專案,而是一則研究結果。在分析 48 株病毒樣本之基因序列後,找出了三個演化支。

論文摘要: Worldwide Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection is disrupting in the economy and anxiety of people. The public anxiety has increased the psychological burden on government and healthcare professionals, resulting in a government worker suicide in Japan. The terrified people are asking the government for border measures. However, are border measures possible for this virus? By analyzing 48 almost complete virus genome sequences, we found out that the viruses that invaded Taiwan, the United States, and Japan were introduced independently. We identified thirteen parsimony-informative sites and three groups (CTC, TCC, and TCT). Viruses found outside China did not form a monophyletic clade, opposite to previous study. These results suggest the difficulty of implementing effective border measures against this virus.

Source: https://arxiv.org/abs/2002.08802